Почему открывается вверх не подскажу.
Можете попробовать переустановить Hand2Note
Переустановите Hand2Note по этой инструкции http://hand2note.com/Help/ru/pages/Troubleshooting/Reinstallation/
Шаг 2 Сохраните свои настройки (следующие папки Config,Notes,MarkedHands)
Запустите Hand2Note от имени администратора в дефолтной конфигурации (не восстанавливайте свой конфиг), введите лицензионный ключ и проверьте, сохранится ли проблема, которая имела место быть до переустановки.
Если всё в порядке, верните сохранённый ранее конфиг в папку программы.