На префлоп диаграмме отображается альтернативное действие (в данном случае и руки с которыми сделали 3бет и руки с которыми сделали колл). Вы можете отключить его в настройках и тогда префлоп диаграмма будет состоять только из рук, которые сделали 3бет.

Я так понимаю, ты rebuild stats сделал, как там и написано?

Я использую несколько лейаутов с одним и тем же хадом. Как настроить хад под разные лейауты и переключаться между ними?
Я пробовал создать дубликат хада, но при перемещение одного, также перемещаются таблицы и во втором.
Через game types также не выходит, я так понимаю, что 2 game type одинаковых создать нельзя.

К чему вообще координаты таблиц в хаде привязаны?

Можно.
На картинке ниже параметр Players in hand можно использовать как фильтр в ХМ2.
(Именно этот хад будет выводится в ситуации, когда за столом 3 игрока и больше. При этом статистика в этом хаде будет использована, только где было от 3 до 10 человек, то есть руки "1 на 1" сюда не попадут)

Для ситуаций 1на1 можно создать еще один Game type и выставить Players in hand 2 to 2 и выбрать к примеру тот же профиль хада.